{"id":1189,"date":"2014-11-20T16:08:05","date_gmt":"2014-11-20T15:08:05","guid":{"rendered":"https:\/\/diocesanos.es\/blogs\/equipotic\/?p=1189"},"modified":"2014-11-18T16:31:18","modified_gmt":"2014-11-18T15:31:18","slug":"bio-linux-una-distro-para-especialistas-en-bioinformatica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/diocesanos.es\/blogs\/equipotic\/2014\/11\/20\/bio-linux-una-distro-para-especialistas-en-bioinformatica\/","title":{"rendered":"Bio-Linux: una distro para especialistas en bioinform\u00e1tica"},"content":{"rendered":"

Bio-Linux<\/a> es una distribuci\u00f3n GNU\/Linux, que se caracteriza por ofrecer de serie una gran cantidad de software dise\u00f1ado para el procesamiento de datos cient\u00edficos<\/strong>, especialmente en el campo de la biolog\u00eda<\/strong>.<\/p>\n

\"bio-linux8\"<\/a><\/p>\n

Es un sistema desarrollado por el NERC<\/strong>, un centro de investigaci\u00f3n ambiental del Reino Unido y en su \u00faltima versi\u00f3n Bio-Linux 8 vemos que est\u00e1 basada en Ubuntu 14.04 LTS<\/strong>.<\/p>\n

Al igual que esta nos llega con el escritorio Unity<\/strong>, desde cuyo men\u00fa podemos tener acceso a m\u00e1s de 250 paquetes espec\u00edficos de bioinform\u00e1tica<\/strong>, que nos proporcionan 50 aplicaciones de tipo gr\u00e1fico y muchas m\u00e1s desde la linea de comandos.<\/p>\n

<\/p>\n

Si no os convence el escritorio por defecto no pasa nada, dado que tambi\u00e9n se incluye MATE como una alternativa ligera a Unity<\/strong>. En el aspecto gr\u00e1fico tambi\u00e9n destaca por su serie de wallpapers<\/strong> con im\u00e1genes relacionados con la tem\u00e1tica de la distribuci\u00f3n.<\/p>\n

En Bio-Linux 8<\/strong> nos encontramos las \u00faltimas versiones de herramientas<\/strong> que se consideran claves como QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio<\/em> y se han actualizado otros paquetes<\/strong> (ggplot2, DESeq, edgeR, Bioconductor<\/em>) relacionados con R<\/strong> que es un entorno de programaci\u00f3n<\/strong> con licencia GNU GPL muy conocido por su uso a nivel estad\u00edstico<\/strong>.<\/p>\n

Seguramente a muchos os pasar\u00e1 como a mi\u2026que al no dedicaros a la bioinform\u00e1tica la mayor\u00eda de los programas os suenan a chino\u2026sin embargo una de las cosas que me agrad\u00f3 en Bio-Linux es su excelente documentaci\u00f3n<\/strong>, que podemos consultar tanto de forma local como online.<\/p>\n

En esta p\u00e1gina<\/a><\/strong> por ejemplo ten\u00e9is un listado del software cient\u00edfico<\/strong> presente en Bio-Linux 8, incluyendo n\u00famero de versi\u00f3n y descripci\u00f3n del mismo.<\/p>\n

Bio-Linux se puede ejecutar en modo live<\/strong>, incluye im\u00e1genes virtuales<\/strong> (OVA) para trabajar en VirtualBox o VMWare<\/strong>, y la podemos instalarla directamente en nuestros discos duros descarg\u00e1ndola<\/a> previamente desde su web (lo del registro es voluntario).<\/p>\n

Para aquellos que est\u00e9n interesados en ejecutar un sistema similar en plataformas de cloud computing<\/strong>, pueden descargarse su proyecto hermano CloudBioLinux<\/a>.<\/p>\n

Art\u00edculo original en La mirada del replicante<\/a><\/strong>.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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