Tras varias pruebas multimedia he descubierto que la librería para el manejo de audio/vídeo que viene en Ubuntu está capada (seguramente por no querer utilizar formatos «propietarios»).
Si queremos editar vídeo sin problemas tenemos que descargarnos la última versión de la librería FFMpeg
y reemplazar los binarios que instala Ubuntu en «/usr/bin».
Además de esto es bueno incorporar otros códecs como el «aac» (buscar en la tienda/synaptic) para el audio.